Фонды музея быстро росли за счет даров от монастырей и библиотек, разнообразных институтов, университетов и издательств. Члены знаменитых дворянских фамилий также выступали меценатами, передавая в дар Историческому музею свои ценнейшие коллекции. Музей по праву гордится библиотекой Голицына, насчитывающей более 9000 томов по истории России, собранием Черткова, в котором находятся более 300 древних рукописей, в частности, знаменитая переписка Ивана Грозного с Андреем Курбским. Кроме этого, семья Чертковых передала музею одну из лучших в стране коллекций русских монет. Другие представители дворянства также сделали ценные вклады: Бобринские, Оболенские, Кропоткины, Уваровы, Масальские подарили музею свои коллекции вещей, связанных с российской историей.

Нельзя не упомянуть и о драгоценных вкладах купечества. Бахрушины, Бурылины, Сапожниковы, Постниковы пожертвовали более 300 000 разнообразных экспонатов. Среди них были русские иконы, древние манускрипты, ткани и мебель, а также предметы декоративно-прикладного искусства.

Одним из самых ценных вкладов стала коллекция знаменитого купца, коллекционера и мецената Петра Ивановича Щукина. Он был основателем частного музея «Российских древностей». Со временем коллекция так разрослась, что ей стало тесно даже в специально построенном для нее здании. В 1905 году Щукин передал ее в дар Историческому музею. Он до конца жизни был хранителем собственного музея, который носил название «Отделение Императорского Российского Исторического музея имени императора Александра III — Музей П.И. Щукина».

Александр Андреевич Катуар де Бионкур, предводитель дворянства Нижнего Новгорода, подарил свою коллекцию охотничьего оружия и пистолетов, купец Вахрамеев — книги и рукописи, представитель знаменитой семьи Дашковых — художественные произведения. Одним словом, люди из самых разных слоев российского общества считали пополнение коллекции музея своим долгом.

Анна Григорьевна Достоевская, вдова писателя, будучи почетным членом Исторического музея с 1906 года, передала в дар архив покойного супруга, книги и фотографии, письма, а также некоторые вещи. В музее была воссоздана комната писателя, названная «Музеем памяти Ф.М. Достоевского».
После революции фонды пополнились за счет расформированных музеев, таких, как Румянцевский музей, Военно-исторический, «Старая Москва», а также из Государственного музейного фонда, в котором скопились предметы частных коллекций. На хранение были переданы собрание рукописей из Московской епархиальной библиотеки, коллекция церковной утвари и тканей из магазина Оловяшниковых.

Пополнялась и экспозиция, посвященная древнейшим временам, от каменного века до русского Средневековья. Советские археологи и палеонтологи, проводившие раскопки на территории страны, передавали найденный материал музею.

После того, как в 1993 году был ликвидирован центральный музей Ленина, его экспозиция также заняла место в Историческом музее.

Государственный исторический музей ведет важную научную и исследовательскую деятельность. Его экспозиция и фонды — бесценный источник для художников, историков, реставраторов, ученых, культурологов, исследователей костюма и мебели.

Здание музея
Большой и представительной экспозиции музея необходимо было особое здание. Для его возведения Московская городская дума выделила в дар городу участок на Красной площади.

Закладка здания произошла весной 1874 года, в ней принимал участие император Александр II.

В результате проведенного конкурса победил проект архитектора В.О. Шервуда и инженера А.А. Семенова. Здание из красного кирпича великолепно вписалось в ансамбль Красной площади, стилистически перекликаясь с ансамблем Московского Кремля и собора Василия Блаженного.

Надо сказать, что еще на стадии проектирования была разработана основная идея экспозиции — это заслуга историков и руководителей музея Уварова и Забелина. Каждый зал проектировался с учетом экспонатов, которые будут в нем располагаться. В отделке внутреннего убранства, росписях и создании декоративных элементов участвовали великие русские художники — Айвазовский и Васнецов, Серов и Коровин.

Каждый из залов соответствует особой исторической эпохе, росписи в них повторяют знаменитые церковные и дворцовые фрески. В 1936 году было принято решение уничтожить залы, посвященные дореволюционному периоду. Росписи были закрашены, лепнина сколота, позолота снята. Более 15 лет, начиная с 1986 года, в музее велась комплексная реставрация, и сейчас его интерьеры воссозданы в изначальном виде.